Začínají se ozývat již staří známí, ale zde mnohem vyspělejší nepřátelé - Replikátoři.

---

Na palubě Wraithského úlu byli zachyceni Ronon a Rodney do kokonů. Sheppard se během bitvy s F-302 přichytil k trupu lodi a skočil s nimi do hyperprostoru. Musí rychle přijít na to, jak úl zastavit, než dosáhne Galaxie. Naštěstí utrpěli škody během bitvy a musejí zastavit v prázdném prostoru mezi galaxiemi, kvůli opravám. Daedalus s Orionem vstupují do hyperprostoru a musejí provést opravy během cesty k Wraithským lodím. Weirová neochotně opouští Atlantis a setkává se na Zemi s Voolseym a výborem a jednají o krizové situaci. Nakonec na sebe bere plnou odpovědnost. Mezitím Ronon s Rodneym se dostanou ze zámotku a snaží se sabotovat důležité systémy. Sheppard se snaží prostřednictvím rádia kontaktovat Rodneyho, ale vysílačky má u sebe Michael. Ten si nakonec uvědomí, že je už vyvrhel a jedinou nadějí na únik jsou lidé. Pomůže tedy navést Sheppardovy rakety na kritická místa lodi. Je zajat, ale podaří se jim uprchnout a jdou najít Ronona a McKaye. Přilétají Orion s Daedalem, transportují je na palubu a zapojují se do bitvy. Po zničení jednoho úlu je ale Orion zničen a posádka přenesena na Daedalus. Tam je ale pro všechny málo vzduchu. Uvědomí si, že mají ještě na Daedalu kanystry s retrovirem a vydávají se ho na Wraithský mateřský úl vypustit…

Richard Woolsey je vyslán na Atlantis, aby přezkoumal, zda je Weirová stále způsobilá velet expedici. Na Wraithském mateřském úlu se podařilo všechny Wraithy přeměnit na lidi a vrací se s nimi ve stázi na Atlantis. Při zkoumání lodi dojdou k závěru, že je vysadí na planetě M8G-352 pod záminkou, že byli vystaveni virové epidemii. Když se později vrátí Sheppard na Atlantis, zjistí, že k planetě směřuje jedna Wraithská loď a musí jednat rychle, aby zůstala Atlantis v utajení. Jeden z vězňů se domnívá, že je něco špatně, ale Michael ho zabije a předstírají jeho nehodu. Když se Beckett vrátí do tábora, zjistí, že byli vojáci zabiti a Wraithové se vrátili a chtějí zbývající polidštěné Wraithy nabídnout přilétajícímu úlu. Atlantis nemůže poslat Daedala, protože je daleko od planety. Přilétá tedy Sheppard s ukradeným úlem, aby zachránil vězně a zapojil jadernou nálož v naději, že zabije všechny Wraithy na planetě. Zachraňují Becketa, ale nemohou spustit nukleární zařízení. Začnou tedy na tábor střílet z orbity, ale přilétají Wraithové a zahájí na ně palbu. Když přeletí Daedalus, nachází trosky ukradeného úlu…

---

Tým Atlantis narazí na muže jménem Lucius Lavin na neprobádané planetě. Žije v komunitě, kde je každý jako on, ale on je středem pozornosti všech. Dr. Beckett se ho rozhodne navštívit po tom, co se tým vrátí a zkontrolovat, jestli má skutečně lékařské schopnosti, jak tvrdil. Po několika hodinách se vrací na Atlantis a přes veškerá bezpečnostní opatření i s Luciusem. Nejprve jsou všichni skeptičtí, ale pak ho akceptují mimo Shepparda a McKaye, kteří pochybují, že je vše s ostatními normální. Snaží se zjistit, co se stalo a Sheppard se vydává zpátky na planetu, ale tam zjistí, že všichni jsou nemocní a prahnou po něm. Vrací se s látkou, která je pravděpodobně za to odpovědná, ale zjišťuje, že je už i Rodney na něm závislý, jako ostatní. Sheppard je nachlazený, takže je imunní a unese Becketta, aby našel protijed. Podaří se jim Luciuse oklamat a poslat Jumperem na pevninu a zatím vytvoří protijed bez jeho vědomí a vyléčí celou expedici a i lidi na jeho domovské planetě. Když se vrací na planetu, je všemi lidmi opovrhován…

---

Při průzkumu jedné planety nachází primitivní vesnici a vesničané poznají Ronona a myslí si, že sem přiláká Wraithy. Zaútočí na ně primitivními zbraněmi, ale i tak se jim podaří tým uspat, jen Rodneymu se podaří uprchnout zpět na Atlantis. Probouzejí se v kleci a Ronon je konfrontován vůdcem vesnice Keturahem. Byl totiž na této planetě, když utíkal před Wraithy a vesničané mu pomohli a ošetřili ho. Netušili ale, že má v sobě sledovací zařízení a Wraithové pak napadli vesnici. Wraith slíbil Keturahovi, že pokud se znovu vrátí a kontaktují je, ušetří příště vesnici. Ronon se pokouší přesvědčit vesničany, aby ostatní pustili, což se mu nakonec povede. Když se tým vrací na planetu, aby ho zachránili, zjistí, že vesnice byla zničena a obyvatelé jsou buď mrtví, nebo uneseni na krmení. Mezitím dají Wraithové Rononovi znova sledovací zařízení a pouští ho na jeho domovské planetě Satedě, aby ho znovu lovili. Tým zatím zjistí, že je Ronon naživu a snaží se ho lokalizovat. Zjistí, že je na Satedě a vydávají se za ním v maskovaném Jumperu. Ronon si zatím hravě poradí se všemi Wraithy, které na něj vůdce poslal a když dorazí tým, pomáhá mu také v zabíjení. Ronon se pak Wraithovi vysmívá, aby se mu postavil sám, ten nabídku přijímá a začíná tuhý boj tváří v tvář…

---

Po objevení základny Antiků se Weirová přidává k týmu a cestují na planetu Asuras. Jsou to moderní lidé a netrvá to dlouho a tým dojde k závěru, že se jedná o nepovznesené Antiky. Jejich vůdcem je arogantní Oberoth, ale setkávají se s Niamem, který je zavede před Vysokou radu. Oberoth jim vysvětlí, že pocházeli z Atlantis, ale nedbali jejich rad během války s Wraithy a odešli. Řeknou Asuřanům, že hrozba Wraithů stále trvá, ale jsou překvapeni, když se dozví, že mají plán na jejich totální vyhlazení. Nechtějí se s nimi ale o něj podělit. Weirová chce získat nějaké ZPM, ale Oberoth začne být podezíravý a tvrdí, že nemají nic, co by jim mohli poskytnout. Když chtějí odejít, jsou ale zatčeni a uvězněni. Podaří se jim ale lehce uniknout a dostávají se na Atlantis, která je pod palbou. Najednou se Sheppard probudí a zjistí, že jsou stále na Asuras, nejsou to Antikové, ale Replikátoři a vědí teď adresy Atlantis a Země. Oberoth vezme loď stejnou jako Atlantis a letí Atlantis zničit. Tým se od Niama dovídá, jak to s Asuřany bylo a chce jim pomoci přepsat základní kód, protože chce být jako Antikové a nevěří v to, co Oberoth dělá. McKayovi se podaří přepsat Niamův základní kód a také přetíží ZPM lodi. Unikají v Jumperu, ale nejde to podle plánu a Asuřané eliminují přetížení a resetují Niama…

Weirová se probouzí v psychiatrické léčebně na Zemi a je šokována z toho, když zjistí, že celá její zkušenost s Atlantis poslední dva roky, byla jen výplod její fantazie. Její psychiatr ji informuje, že měla nehodu a její snoubenec při ní zemřel. Od té doby trpí přeludy. Je nucena se vyrovnat s novou realitou a navštíví ji i matka a generál O’Neill, který ji ubezpečuje, že nikdy neslyšel o programu hvězdné brány, natož o ztraceném městě Atlantis. Weirová má ale přesto znepokojující varování a vize jí říká, že se musí vrátit na Atlantis. Mezitím na Atlantis, která není produktem vyšinuté fantazie, drží tým hlídku u komnat Dr. Weirové, která byla ve skutečnosti nakažena nanity Niama. Dr. Beckett se nanity snaží eliminovat vstřikováním wraithských buněk, jež nanity rozdělí a jsou citlivé na EMP. Pokus je částečně úspěšný, ale nezničí všechny nanity a Weirová musí bojovat už sama. Zničením většiny nanitů utvrdí v hlavě Weirové to, že se musí vrátit na Atlantis, ale nanité se ji snaží zastavit. Sheppard riskuje infekci a pomáhá ji osobním kontaktem se vrátit zpět…

---

Tým je na jedné planetě přepaden Genii, unikají přes hvězdnou bránu, ale Sheppard je zajat Kolyou. Na Atlantis si myslí, že je Ladon, současný vůdce Geniů, zradil, ale ten přichází na Atlantis a tvrdí, že za to odpovědný není. V tu chvíli jsou ale kontaktováni Kolyou. Chce vyměnit Shepparda za Ladona a dá jim na to 3 hodiny, nebo se Wraith, kterého mají uvězněného, nakrmí znovu Sheppardem. Ladon jim vysvětlí, že důvodem jejich nepřátelství je soupeření o vedení Geniů a pomůže jim s útokem na základnu, ale brzy zjistí, že jsou ve slepé uličce. Mezitím Sheppard mluví ve vězení s Wraithem a snaží se ho přesvědčit, aby spojili síly a uprchli. Wraith zpočátku není moc nadšen a je z hladu již velmi slabý, ale nakonec souhlasí. Nakonec se jim podaří uniknout z vězení a spolupracují při útěku. Geniové je ovšem začnou sledovat a Wraith se nakrmí Sheppardem, aby Genie porazil. Zrovna ale přichází i tým z Atlantis a jsou zděšeni, když vidí Johna. Wraith mu ovšem vrací životní sílu, jak slíbil, ale Kolya mezitím uniká bránou. Sheppard taky plní slib a nechává Wraitha na jiné planetě…

---

Rodneyho sestra Jeannie si hraje se svou dcerou, ale náhle dostane inspiraci a začne psát matematické vzorce. Její práce upoutá pozornost SGC a je oslovena plukovníkem Carterovou, která jí tam nabídne práci. Ona ovšem odmítá, protože se domnívá, že její práce nebude mít využití. Na Zemi se vrací Rodney, aby se ji také snažil přesvědčit a pomohla mu vyřešit problém, který trápil projekt Arcturus. Místo toho, aby čerpali energii z našeho vesmíru, hodlá ji čerpat z vesmíru paralelního, takže exotické částice zůstanou tam. Pracují tedy společně a nakonec se jim to podaří. Něco se ovšem stane a v testovací komoře se objeví Další Rodney z paralelního vesmíru. Náhradní McKay jim vysvětlí, že k nim byl poslán, aby jim řekl, že jejich vesmír ničí exotické částice. Projekt je tedy zastaven, ale nemůže se už vrátit a zůstává. Je ovšem více společenský a Rodney na něj za chvíli začne žárlit. Zjistí ovšem, že most je stále otevřen a exotické částice stále ničí jeho vesmír. Rod vymyslí způsob, jak to zastavit, ale znamenalo by to likvidaci jednoho z nich. McKay ale vymyslí alternativní způsob, který ovšem vyžaduje velké množství energie a musí použít ZPM…

---

Jeden z týmů prošvihne pravidelný kontakt a Sheppardův tým, Beckett a ještě tři další mariňáci se vydávají za nimi zjistit, co se stalo. Po příchodu na planetu najdou 4 mrtvoly Geniů a domnívají se, že se zabili navzájem. Později objeví jeskyni, která vykazuje cizí energetické stopy a zjistí, že je to bunkr Wraithů s poškozeným generátorem. Poblíž najdou těla chybějícího týmu mimo majora Leonarda a z videozáznamu zjistí, že je major zabil a jeden z nich žádá pomoc od Prométhea. Tým se rozhodne, že potřebuje pomoc a při návratu na Atlantis někdo sabotuje DHD a výbuch zabije jednoho z mariňáků. Zároveň Leonard postřelí další dva členy. Vrací se do jeskyně a McKay zjišťuje, že wraithský generátor je navržen tak, aby vyvolal u lidí halucinace, a bude mu chvíli trvat, než ho dokáže vypnout, protože ho Geniové poškodili. Ronon má brzy halucinace a Sheppard s Teylou se za ním vydají. Ronon ale Teylu postřelí. Brzy jsou postiženi i ostatní a začnou se chovat podivně. Každý toho druhého vnímá jako nějakou hrozbu, kterou kdysi v minulosti zažil, jen jedinou Teylu to nepostihlo, protože má Wraithskou DNA. Jsou tedy všichni proti sobě mimo Teyly a musí nějak deaktivovat generátor…

---

Jelikož ZPM na Atlantis je skoro vyčerpané, přišli McKay s Carterovou s geniálním řešením a vyřešili problém dopravy z Atlantis na Zemi. Plán spočívá v použití 34 bran rozložených mezi oběma galaxiemi a snížili by tak čas z tří týdnů na půl hodiny. Test je úspěšný, a když se Sheppard vrací z testu, Rodney si všimne podivných anomálií na senzorech Daedala. Nakonec zjistí, že se jedná o Antickou loď třídy Aurora letící skoro rychlostí světla a podaří se jim je kontaktovat. Když je ale přivedou na Atlantis, přebírají kontrolu nad městem a žádají je, aby odešli. Podmínky se ještě snaží vyjednat generál O’Neill a Woolsey, ale bez úspěchu. Expedice se vrací na Zemi a Teyla s Athosiany a Rononem se přestěhují na jinou planetu. Zanedlouho kontaktuje O’Neill z Atlantis SGC, že zachytili loď Asuřanů mířící k nim, ale Lanteáni jsou si jisti, že nezaútočí. Tým je povolán zpět do SGC a Landry chce s jadernou hlavicí zničit Atlantis, protože by Replikátoři představovali hrozbu. Tým je ovšem přesvědčen, že zachrání město i s O’Neillem a Woolseym. Ukradnou Jumper a navzdory rozkazům vyráží na pomoc přes mezigalaktický most, kde se pak ještě setkají s Rononem a Teylou…

O’Neill s Woolseym se ukrývají ve městě, kde senzory nefungují. Bránou přilétá Sheppard, kontaktuje je, aby zůstali na místě, a vyhodí do vzduchu horní část hlavní řídící věže. Letí s Jumperem najít Niama, kterého nechali ve vesmírném prostoru a plánují pomocí něj vyslat program, který Replikátory zmrazí a mohou s nimi skoncovat. Když se vrací k Atlantis, jsou napadeni, poškozeni a Sheppard je nucen vzít Jumper do oceánu a dostat se do Atlantis přes podvodní hangár. Nemůžou ovšem dovnitř a Jumper nabírá vodu. Požádají o pomoc O’Neilla a tomu se to podaří. Vzápětí na to je s Woolseym zadržen Replikátory. McKay pracuje stále na Niamovi, ale zjistí, že byl O’Neill zajat. Replikátoři zjistili sondou mysli jejich plán a reaktivují Niama. Jsou nuceni ho zneškodnit a nakonec vymyslí plán, zničit C4 štítové generátory, aby pak mohl Daedalus zničit město. Rozdělí se na tři skupiny a Sheppard s Rodneym jdou do vězení za O’Neillem, kde jim vylíčí plán. Mezitím Replikátoři dokončí opravy a Beckett v ovládacím křesle se snaží sabotovat pohon. Replikátoři ovšem získali informace o jejich plánu, tým zadrží a zneškodní C4. Přilétá Daedalus a Atlantis zvedá štíty. Vtom jsou ale Replikátoři všichni najednou zničeni…

---

Zelenka, Ronon a Sheppard se vrací Jumperem z pevniny, ale Atlantis najdou na senzorech o 40° mimo kurz, kde by měla správně být. Teyla začíná mít vize o Anticích na Atlantis. Ostatní si nejprve myslí, že je pod nějakým tlakem, ale pak začínají mít vize také. Rodney se Sheppardem si všímá jednoho mořského tvora, kterého kdysi pojmenoval „Sam“ a na senzorech později zjistí hodně těchto tvorů v blízkosti Atlantis. Letí to prozkoumat Jumperem, ale mají velké bolesti hlavy a Rodney upadá do bezvědomí. Na Atlantis Zelenka vysvětluje, že tvorové vydávají nízké frekvence a elektromagnetické pole, které jsou pro člověka velmi nebezpečné. Lidé se začnou přepravovat na Daedala a Rodney v biolaboratoři překládá, co tvorové říkají. Slunce se chystá vytrysknout obrovské množství koronální hmoty přímo na planetu, která by pak zahubila veškerý život na planetě. V databázi zjistí, že Antikové dokázali rozšířit štít města na většinu planety a tím ji tak zachránit. Atlantis s jedním ZPM ale toho není schopna. Sheppard pak přijde s nápadem převést ZPM na Daedala a přemístit ji mezi slunce a planetu a štít by tak mohl odrazit koronální výtrysk…

---

Atlantis dostane zprávu, že obec na jiné planetě je chráněna hrdinou s nadlidskou silou. Tým navštěvuje tuto planetu, ale zjistí, že se jedná o známého Luciuse Lavina. Myslí si, že znovu používá své byliny, aby všechny ošálil. On má ovšem osobní štít, který ho dělá nepřemožitelným. Když je Lucius pryč, na vesnici zaútočí gang a chce hrdinu. Lucius se vrací a hravě si s nimi poradí. Když se tým rozloučí, rozhodnou se zůstat a sledují Luciuse na tajnou schůzku s vůdcem gangu Haemonem. Dozví se, že si je najal na to divadlo ve vesnici a také to, že jsou to Geniové, bývalí členové osobní stráže Cowena, kteří byli nuceni pracovat, jako nájemní žoldáci po převratu. Ve vesnici se ho snaží tým odhalit, ale nikdo jim nevěří. Pak dorazí Kolya a chce Shepparda. Tým se musí skrývat a Kolya Luciuse zatím mučí a snaží se dovědět od něj informace. Tým se snaží Luciuse osvobodit, ale je zajat, jen Sheppardovi se podaří uprchnout. Luciusovi se podaří vyplížit ven a najde Shepparda první. Kolya chce zabýt zbytek týmu, pokud se mu Sheppard nevzdá. Sheppard musí tedy s Luciusem vymyslet plán, jak se vypořádat se situací…

---

Aby snížili spotřebu energie, Rodney se Zelenkou míří přes nedávno zaplavené části města a vypínají systémy nedávno spuštěné Antiky, když se vrátili do města. Zapne ovšem jeden přístroj a kolem něj se obtočí modrá šroubovice. Přístroj je zkratován a výboje zasáhnou i Rodneyho a ten se diví, že vůbec přežil. Zanedlouho Rodney zjišťuje, že má zvláštní schopnosti a Zelenka objeví, že je to přístroj na manipulaci s DNA. Atlantis ale obdrží zprávu, že je tým pod útokem nepřátelských vojáků. Nepřátelé jsou ale náhle poraženi a Rodney vysvětluje, že jen myslel na to, aby se jim zbraně zasekly a ono se tak stalo. Nikdo mu nevěří a přesvědčí je, když telekinezí zvedne ze země Becketta. Rodney žádá Weirovou, aby mohl překonfigurovat energetické systémy, pro zvýšení účinnosti ZPM a prodloužit tak jeho životnost. Později zjistí, že když se nepovznese, tak umře. Najednou ale začne procházet městem masivní nárůst energie a Zelenka je zasažen energií a ve velmi kritickém stavu přenesen na ošetřovnu. Rodneymu se ho ale podaří uzdravit. Později prožívá emoční změny, když si uvědomuje, že se jeho osud blíží a začne meditovat se Sheppardem, aby byl připravený, až se tak stane…

---

Sheppard s McKayem hrají už dva roky počítačovou hru, kterou tu Antikové zanechali, v níž každá země se vyvíjí na opačné straně řeky a soupeří mezi sebou. McKay se snaží ve své zemi Geldaru o technologický rozvoj, zatímco Sheppard ve své zemi Halloně rozvíjí svou armádu. Při rutinní průzkumné misi zjistí, že to ve skutečnosti není hra, ale země a lidi v nich jsou skutečné a žijí na planetě kdesi v galaxii Pegasus. Satelitní síť na oběžné dráze sleduje jejich rozvoj a vše je přenášené do přístroje Antiků. Ve skutečnosti to byl Antický sociální experiment. Vydávají se na planetu to prozkoumat a v Geldaru poznávají McKaye jako svého Oracula, který je vede. McKay zůstává u svých lidí a ostatní jdou na návštěvu Sheppardovy civilizace. Tam se ale dovídají, že Geldarané začali na příkaz Oracula těžit na jejich území a chtějí na ně provést útok. Jsou povoláni zpět na Atlantidu, aby jejich spor urovnali. Odmítají ale spolupracovat a jsou na pokraji války. Přes své nejlepší pokusy se je nepodaří přesvědčit a věci rychle přerostou do totálního útoku. Zdá se ovšem, že něco nehraje, protože konzole vykazuje údaje, že každá strana dosáhla celkového vítězství…

---

Sheppardův tým prošetřuje starou a opuštěnou vesmírnou stanici na vzdáleném měsíci. Jeden tisíc mužů, žen a dětí se připojili do stáze, aby nezanikli z důvodu dlouhotrvající války s Wraithy. Tým obnovuje energii a probouzí Hericka, který ale nenachází svou ženu a syna a rozzlobený probouzí jejich vůdce Jamuse, který mu sděluje, co se s jeho rodinou stalo. Rozrušený Herick spáchá sebevraždu, ničí dveře hangáru a je vysát do prostoru. Tím se ale změní oběžná dráha měsíce, který nyní padá na planetu a také to odpoutá Jumper do volného prostoru. Všichni jsou teď v pasti a odsouzeni k smrti. Dr. Weirová brzy tým kontaktuje a pošle tým na pomoc. Zdá se, že tým a Jamus mohou být zachráněni, ale nemohou zachránit více jak 1 000 lidí. Jamus je velice vzdorný, bez svých lidí neodejde a bere si Teylu jako rukojmí. Pak vysvětluje, proč se jich nemůže vzdát. Použili totiž na Wraithy atomové zbraně a planetu sterilizovali. Přežili jen lidé na vesmírné stanici, ostatní byli obětováni. Jamus připojuje sebe a Teylu do stáze a Rodney nemůže odlišit v přístroji její znaky od ostatních. Podaří se mu ale propojit energetický systém stázových komor s Jumperem a Sheppard má plán pilotovat raketoplán se stázovou jednotkou na palubě…

---

Teyla je zraněna při nečekaném výbuchu v jídelně na Atlantis, při kterém jsou zabiti tři lidé a několik zraněno. O tři hodiny před tím Weirovou v její kanceláři navštíví pohledný mladý vědec Mike Branton a přesvědčí ji, aby s ním šla v jednu na oběd. Tam se jí pak svěří, že ji má rád a políbí ji. Z trapné situace ji zachrání kontakt z řídící místnosti, že došlo k incidentu. Když přijde, je informována co se stalo a myslí si, že jde o bombu. Pět hodin před incidentem relaxují Sheppard s Rononem při golfu, kde je i Watson, který si stěžuje na bolest hlavy, pak si jdou ale zahrát Rononovu hru. Později jsou přerušeni výbuchem a na místě jsou informováni, že několik očitých svědků tvrdí, že viděli Dr. Hewstona, jak záhadně exploduje. Čtrnáct hodin před incidentem jsou Rodney, Beckett, Hewston a Watson na ošetřovně a dva mladí vědci náhodně aktivují jakési zařízení, ale je deaktivováno. Později je Rodney s Katie v botanické laboratoři a když slyší výbuch, běží Rodney do laboratoře. Zjistí, že zařízení, které vědci aktivovali, je nějaká Antická zbraň, které vytváří nádor na plicích, který roste a pak exploduje. Nádor se podaří z Watsona vyoperovat, ale netuší, že hrozba není ještě zažehnána…

---

Všichni hlavní členové expedice hledají na dně oceánu mobilní vrtnou plošinu. To se jim nakonec povede, a když začnou s dokovací procedurou, stanice se zapne a nečekaně to probudí Wraitskou královnu, o které ale nemají zatím ponětí. Systémy stanice fungují na plnou kapacitu, ale Weirová varuje, aby výrobu energie omezili, dokud se nepřijde na to, proč ji Antikové opustili. Při prozkoumávání stanice, smysly Teyly zjistí přítomnost Wraitha a ustupují, ale na skenerech ho nikde nevidí. Teyla nabídne svou pomoc najít ho, ale pak tvrdí, že ho nenašla. Při průzkumu ovšem napadne Ronona a vypne část stanice. Dělá vše pro to, aby se královna mohla dostat do stanice. Zbytek týmu je hledá, a když je najde, Teyla je zase sama sebou, ale nic si nepamatuje. Situace se nadále zkomplikuje, když královna se dostane do stanice a začíná napadat vědce. Když ji najde Sheppard, ovládne jeho mysl a chce se dostat bránou pryč. Překvapí ji Ronon a omráčí ji. Odmítá jim říci jakékoliv informace, ale nakonec zjistí, že je na dně pohřben Wraithský křižník, ze kterého se sem dostala. Teyla se zaboří do její paměti a zjistí, co se prve stalo a také to, že nastavila na svém křižníku autodestrukci a ten vybouchne za 30 minut. Jediný způsob, jak zabránit katastrofě, je deaktivovat ji, protože kůra planety je velmi slabá a uvolnilo by to magma. Nemají ovšem přístup do Jumperu…

---

Weirová je informována, že Taraniané je nekontaktovali už více jak dva měsíce. Sheppardův tým je vyslán na planetu, ale najdou jen prázdnou osadu. Najdou ovšem nějaký podzemní komplex, kde je zanedlouho napadne podivný tvor, který má znaky Iratuského brouka. Najdou tam také plno mrtvých Taranianů a velkou kuklu. Weirová posílá posily, ale ty jsou hned po příchodu uneseni Wraithskou šipkou. Zbytek se snaží vrátit na Atlantis, ale z DHD někdo odstranil kontrolní krystal. Vrací se do komplexu, kde zjistí, že to má na svědomí Michael Kenmore, který po vyhnání Wraithy začal experimentovat s Iratuskými brouky a stvořil tyto tvory. Zjistí také, že má stovky takových tvorů na této planetě a není jediná, na které je chov. Teyla s McKeyem jsou v laboratoři, kde se snaží zjistit, co Michal prováděl a Sheppard s Rononem hledají kontrolní krystal, ale bez úspěchu. Nic ovšem není bez komplikací a pronásledují je tvorové. Najdou ovšem Michaelovu šipku, kterou Sheppard použije na transport zbývajících členů týmů a vytáčí bránu. Na planetu je vyslán Daedalus, aby to tam zničil. Po příletu tam ovšem nic nenacházejí…

---

Dr. Weirová přesvědčuje Dr. Kellerovou, aby přijala místo hlavní doktorky na Atlantis po Beckettově smrti. Té se ale moc nechce. Poté je expedice informována, že právě vystoupila z hyperprostoru nová loď třídy Daedalus, Apollo. Když se velitel, plukovník Abe Ellis, transportuje do města, jsou všichni informováni, že Asuřané (Replikátoři) staví nové lodě a chtějí zaútočit. Proto se rozhodlo o preventivní úder. Když přiletí na Asuras, vypustí střely Horizon, která každá nese 6 hlavic Mark IX „Gatebuster“ a 4 návnady. Útok je úspěšný a zničí všechny lodě. Zanedlouho se ovšem objeví nad Lanteou satelit s hvězdnou bránou a zaútočí na Apollo energetickým paprskem přes bránu. Než jej vážně poškodí, přesune se nad Atlantis. Štíty zvednou naštěstí včas. Vyjednávání s Asuřany nedopadne dobře a Weirová je naštvaná na Ellise a že ji už nikdo v armádě skoro nevěří kromě O’Neilla. Jako dočasné řešení vymyslí Rodney se Zelenkou, že potopí město. Moc času navíc ovšem nezískají a musí něco rychle vymyslet. Nezbývá jim, než vzlétnout s městem, ale musí vypnout štít a do paprsku nasměrovat jeden blízký asteroid. Paprsek ale probourá asteroid dříve, než jsou schopni zapnout štít, hlavní věž je těžce poškozena a Weirová velmi těžce zraněna. Vstoupí do hyperprostoru, ale zanedlouho z něj vypadnou uprostřed ničeho a zjistí, že jim štít vydrží maximálně 24 hodin…